Как самостоятельная единица сборная Черногории по футболу образовалась в 2007 году, тогда же вступив в ФИФА и УЕФА. Наставник команды – Миодраг Радулович.
Свой дебютный матч балканцы сыграли 24.03.2007, дома победив сборную Венгрии со счётом 2:1. Никогда не играла сборная Черногории на чемпионате мира по футболу, равно как и не добивалась успеха в отборе к ЧЕ.
Важное место в истории черногорского футбола занимают нападающие Мирко Вучинич и Стеван Йоветич.
В отборочном турнире к ЧМ-2022 соперниками команды по группе стали сборные Нидерландов, Норвегии, Турции, Латвии и Гибралтара.